유닉스 계열 운영체제의 설계 개념은 기본적으로 레지스터같이
시스템을 관리하기 위한 전역적인 데이터베이스와 맞지 않습니다.

리눅스에서 기본으로 이용되는 ext2 파일시스템이나 ext3 파일시스템은
사용자 레벨에서는 디스크 조각 모음이 필요없는 파일 시스템입니다.

템프폴더 정리나 쿠키 정리는 웹 브라우저 관련 내용이니까
운영체제와는 상관없습니다. 타임아웃 시간만 잘 설정하면 됩니다.

rpm이나 deb같은 패키지 관리 시스템을 사용한다면 손쉽게 프로그램을
설치하고 제거할 수 있습니다.

소스 컴파일 후 make install로 설치한 프로그램들은 make uninstall로
제거가 가능합니다. 물론 소스 컴파일한 디렉토리를 지우지 않아야 합니다.