경우에 따라서 다릅니다.

예를 들어서 커널 컴파일할 때에 칩셋과 CPU 를 고르게 되어 있는데,
인텔 펜티엄 4와 845 칩셋쪽만 체크를 해서 컴파일을 했다면 AMD 에
kt266 이라든가, 이런 칩셋으로 바꾸면 부팅을 하지 못하게 됩니다.
하지만, 커널 컴파일할 때에 다른 칩셋과 CPU 도 선택을 해줬다면
바꿔도 상관없습니다.

대개의 경우 배포판을 그대로 깔았다 (씨디롬에 있는 걸)면 메인보드를
바꾸고 CPU 를 바꿔도 큰 문제는 없습니다만, 배포판에 따라서는 깔리면서
커널을 여러개 가지고 있다가 칩셋과 CPU 를 체크해서 최적의 것을 까는
경우도 있습니다. 이럴 경우에는 메인 보드를 바꾸거나 하면 부팅이 되지
않습니다.

또한 커널 뿐만이 아니라... glibc 라든가 이런 것들도 gentoo 등의 배포판
에서는 인스톨 하면서 각 칩셋에 맞게 컴파일 되기 때문에 메인보드를 바꾸면
먹통이 되는 경우가 많습니다.